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Dall’analisi storiche emergono numerose fasi costruttive, una sorta di narrazione continua che per semplicità di lettura suddividiamo in quattro fasi principali di trasformazione:
A- la fase iniziale di costruzione dell’impianto quattrocentesco; dell’impianto originario quattrocentesco rimangono quasi integri il chiostro quadrato a doppio ordine, la facciata della chiesa e i resti delle strutture di cinque cappelle laterali.
B - le trasformazioni seicentesche; nei primi decenni del Seicento si intraprendono diverse opere di trasformazione volute dal conte Giovanni Alfonso Henriquez. A questa fase appartiene sicuramente la riconfigurazione della decorazione interna delle cappelle. Seicentesca sembra anche la costruzione o rimodellazione della zona absidale ad andamento retto, caratterizzata da una decorazione composta da grandi lesene e illuminata da due finestre circolari laterali, ancora in parte visibile dietro le strutture settecentesche. Nuove indagini potranno inoltre verificare se la nuova ala del convento, costruita verso ponente, possa essere stata progettata in questo periodo. Le massicce strutture murarie larghe circa una canna siciliana (2.064 mt) sono molto diverse da quelle dell’area absidale e farebbero pensare a un intervento successivo al sisma del 1693.
C- la ristrutturazione chiesastica successiva al sisma del 1693 completata nella seconda metà del Settecento; l’intervento post-terremoto si conclude nella seconda metà del Settecento, ed è caratterizzato dalla scelta di separare le cappelle laterali dalla navata della chiesa; le vecchie aperture vengono murate con grandi tampognamenti, per ammorsarvi i nuovi altari, e le cappelle rese fruibili attraverso un corridoio che le taglia trasversalmente.
La navata della chiesa viene scandita dal ritmo delle arcate degli altari laterali e dalle lesene binate corinzie. La decorazione a stucco è d’impronta tardo barocca, in uso in area iblea a partire dagli anni sessanta - settanta del XVIII secolo. Sempre in questa fase il coro viene ridefinito nella sua forma che, da andamento retto, viene trasformato a semicircolare, segnato da lesene e contro lesene d’ordine ‘bastardo’. Viene anche realizzata una nuova copertura con volta leggera a botte lunettata e un endonartece che sostiene la cantoria, delimitata da un doppio ordine di tre arcate su colonne.
La nuova configurazione, data dagli interventi settecenteschi, rimane pressoché inalterata fino al 1865, anno in cui l’edificio viene scelto dal nuovo Governo Unitario, come sede del nuovo carcere della Città.
D - gli adattamenti a carcere successivi al 1865: a seguito di questa traumatica variazione d’uso (carcere) il convento subisce una serie d’interventi di adattamento, che riguardano soprattutto tramezzature interne e il tampognamento di due lati del chiostro. Vengono successivamente creati nuovi contrafforti esterni in muratura e si procede al rifacimento del fronte principale del convento (forse ai primi del secolo), mentre si assiste al progressivo abbandono della chiesa e delle cappelle. Nel 1915 crollano gran parte delle coperture della chiesa e delle cappelle; anche la parte superiore del muro della chiesa verso ponente e i due archi dell’abside vengono demoliti e inizia il fenomeno di ruderizzazione che prosegue fino ad oggi.
A partire dal 1920 si registrano alcuni piccoli interventi di consolidamento da legare all’attenzione suscitata dagli studi storici del Mauceri e agli interessi artistici di una certa élite locale.
Evitata l’ipotesi di destinare la chiesa a laboratorio per i detenuti, dopo il 1949 iniziano una serie di interventi paralleli condotti da una parte dalla Soprintendenza che cerca di salvare quanto resta della chiesa e delle cappelle, dall’altra parte dal Genio Civile per quanto riguarda l’aspetto funzionale del Carcere evidenziando il distacco conflittuale tra le esigenze pratiche della struttura carceraria e quelle di tutela del monumento.
La prima fase dell’intervento del recupero in corso riguarda il restauro della chiesa e delle cappelle laterali.
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